全国综合保税区发展绩效评估由海关总署牵头组织开展，是反映综合保税区高水平开放、高质量发展的年度“大考”，涉及经济发展质效、创新成果水平等，评估工作每年开展一次。

根据2024年1月8日海关总署发布的《综合保税区发展绩效评估办法》（署贸函〔2024〕8号），每年3～6月是数据和材料报送期，发展绩效评估指标体系包括定量指标和定性指标，定量指标和定性指标分别赋予相应权重。

为贯彻落实中央关于精简优化基层考核的通知精神，经征求国家发展改革委、科技部、工业和信息化部、财政部、自然资源部、商务部、税务总局、市场监管总局和国家外汇局意见，海关总署发布署办贸函〔2025〕4号文件，对《综合保税区发展绩效评估指标体系》相关指标进行了调整。海关总署将会同有关部门按照调整后的指标体系开综合保税区发展绩致评估工作，评估结果抄报中央组织部。

2025年8月26日，海关总署公布了2024年度全国综合保税区发展绩效评估结果。